Kalksten består hovedsageligt af kalciumkarbonat og stammer fra organismer der er aflejret i f.eks. lavere liggende søer. Disse aflejringer er blevet sammenkittet med sand, ler og flint ved at den opløste kalk er udfældet i hulrum.
I Danmark kender vi mest Faxe kalksten samt Ølands kalksten fra Øland i Sverige.
Herudover benyttes også Savonniere kalksten fra Frankrig lige som Travertin også er en kalksten.